Sebagai suatu organisasi dan dalam rangka kelancaran pelaksanaan pencapaian tujuan koperasi, KPRI Handayani Semarang telah memiliki struktur organisasi yang mencakup unsur-unsur; rapat anggota, pembina, pengawas, pengurus, dan karyawan. Rapat Anggota merupakan pemegang kekuasaan tertinggi dalam struktur organisasi KPRI Handayani Semarang. Pembina berfungsi sebagai tempat konsultasi dalam sifat bimbingan dan pembinaan. Pengawas mempunyai fungsi kontrol terhadap tata kerja pengurus. Peranan pengawas tentunya sebagai aparat yang melakukan pengawasan dengan berpedoman pada Rencana Kerja, Rencanan Anggaran Pendapatan dan Beban, serta Kebijaksanaan yang telah disepakati dalam RAT.  Pengurus sebagai perwakilan anggota dan mengemban amanah langsung anggota bertugas menjalankan organisasi perusahaan koperasi serta mewakili koperasi di pengadilan. Karyawan adalah petugas yang diangkat pengurus dengan fungsi untuk menjalankan perusahaan koperasi sehari-hari yang sesuai dengan kondisi structural dalam manajemen.
Untuk  memimpin jalannya organisasi dan usaha KPRI Handayani Semarang agar sesuai dengan Anggaran Dasar-Anggaran Rumah Tangga KPRI Handayani Semarang, peraturan perundang-undangan yang berlaku, Rencana Kerja, dan Anggaran Pendapatan dan Biaya, maka diperlukanlah Pengurus. Pengurus KPRI Handayani Semarang meliputi; Ketua (satu orang), Sekretaris (satu orang), Bendahara (satu orang), dan Anggota (dua orang). Pengurus KPRI Handayani Semarang dipilih oleh Rapat Anggota Tahunan, sehingga pengurus bertanggungjawab kepada Rapat Anggota Tahunan. Ketua bertanggung jawab  kepada anggota dalam menjalankan kegiatan perusahaan koperasi secara keseluruhan. Sekretaris bertanggung jawab kepada ketua dan rapat pengurus mengenai hal-hal yang berhubungan dengan administrasi, personalia, dan umum. Bendahara bertanggungjawab kepadan Ketua dan Rapat Pengurus berkenaan dengan urusan keuangan dan perbendaharaan koperasi. Anggota I bertanggungjawab kepada Ketua dan Rapat Pengurus mengenai hal-hal yang berhubungan dengan unit usaha pertokoan , simpan pinjam, dan akuntansi.  Anggota II bertanggungjawab kepada ketua dan rapat pengurus berhubungan dengan unit usaha Jasa, Arisan, dan AHASS. Untuk lebih jelasnya berikut ini berhubungan dengan pengawas dan pengurus berserta tugas dan fungsinya :
1.    Pengawas KPRI Handayani Semarang
Kewajiban Pengawas Adalah :

1.   Melakukan pengawasan terhadap pelaksanaan kebijakan dan pengelolaan Koperasi.
2.   Meneliti cacatan dan pembukuan yang ada pada Koperasi
3.   Memberikan koreksi, saran, teguran dan peringatan kepada Pengurus.
4.   Merahasiakan hasil pengawasannya terhadap pihak ketiga.
5.   Membuat laporan tertulis tentang hasil pelaksanaan tugas pengawasan kepada RA

2.    Pengurus KPRI Handayani Semarang
Tugas dan kewajiban Pengurus adalah :

1.   Menyelengggarakan dan mengendalikan usaha KPRI Handayani Semarang
2.   Melakukan seluruh perbuatan hukum atas nama KPRI Handayani Semarang
3.   Mewakili Koperasi didalam dan diluar pengadilan
4.   Mengajukan Rencana Kerja, Anggaran Pendapatan dan Belanja Koperasi
5.   Menyelenggarakan Rapat Anggota serta mempertanggungjawabkan pelaksanaan tugas kepengurusannya.
6.   Memutuskan penerimaan anggota baru, penolakan anggota serta memberhentian anggota.
7.   Membantu pelaksanaan tugas pengawasan dengan memberikan keterangan dan memperlihatkan bukti-bukti yang di perlukan.
8.   Memberikan penjelasan dan keterangan kepada anggota mengenai jalannya organisasi dan usaha koperasi.
9.   Memelihara kerukunan diantara anggota dan mencegah segala hal ang menyebabkan perselisihan.
10.   Menanggung kerugian Koperasi sebagai akibat karena kelalaiannya, dengan ketentuan; a) Jika kerugianan yang timbul akibat kelalaian seorang atau beberapa anggota pengurus, maka kerugian ditanggung oleh anggota pengurus yang bersangkutan, dan b) Jika kerugian yang timbul sebagai akibat kebijaksanaan yang telah diputuskan dalam Rapat Pengurus, maka semua anggota Pengurus tanpa kecuali menanggung kerugian yang diderita Koperasi.
11.   Menyusun ketentuan mengenai tugas, wewenang dan tanggung jawab anggota Pengurus serta ketentuan mengenai pelayanan terhadap anggota
12.   Meminta jasa audit kepada Koperasi Jasa Audit dan atau Akuntan Publik yang biayanya ditanggung oleh Koperasi dan biaya audit tersebut dimasukkan dalam Anggaran Biaya Koperasi.
13.   Pengurus atau salah seorang yang ditunjuknuya, berdasarkan ketentuan yang berlaku dapat melakukan tindakan hukum yang bersifat pengurusan dan pemilikan dalam batas-batas tertentu berdasarkan persetujuan tertulis dari Keputusan Rapat Pengurus dan Pengawas Operasi dalam hal-hal sebagai berikut : a) Meminjam atau meminjamkan uang atas nama Koperasi, dengan jumlah tertentu, yang ditetapkan dalam ART dan peraturan khusus Koperasi, dan b) Membeli, menjual atau dengan cara lain memperoleh atau melepaskan hak atas barang bergerak milik Koperasi dengan jumlah tertentu, yang ditetapkan dalam Anggaran Rumah Tangga dan Pengaturan khusus Koperasi.
14. Kegiatan pengurus dalam mengelola KPRI Handayani Semarang mendapat pengawasan dari pengawas  yang juga dipilih oleh rapat anggota. Dengan demikian pengawas mempunyai fungsi kontrol terhadap tata kerja pengurus. Fungsi kontrol itu diwujudkan dalam kegiatan pengawasan dan pemeriksaan baik secara periodic dan rutin maupun secara tidak terjadwal. Masa kerja pengurus dan pengawas KPRI Handayani Semarang empat tahun, dan untuk habis masa baktinya dapat dipilih kembali.
15. Dalam melaksanakan tugas-tugasnya pengurus dan pengawas memperoleh bimbingan baik diinternal lingkungan UNNES maupun dari ekternal lingkungan UNNES. Di lingkungan internal UNNES bimbingan diperoleh dari Pembina dan Penasehat KPRI Handayani yang dalam hal ini adalah Rektor dan Pembantu Rektor II UNNES. Dari ekternal lingkungan UNNES bimbingan diperoleh dari Dinas Koperasi, PKPRI, dan Dekopinda Kota Semarang.
16. Wewenang yang dimiliki Pembina dan Penasehat KPRI Handayani Semarang adalah memberikan masukan kepada Rapat Anggota dalam hal memilih Pengurus dan Pengawas, atas nama Rapat Anggota mengangkat, melantik, dan mengambil kebijakan tertentu, dan menerima laporan kegiatan usaha koperasi tiap akhir triwulan dari pengurus.
17. Keseluruhan manajemen KPRI Handayani Semarang mengikuti ketentuan perundang-undangan yang berlaku dan kebijakan seperti yang digariskan oleh AD, ART, Peraturan Khusus KPRI Handayani serta dari Departemen Koperasi.